自问自答一下。
首先，我们需要避免两种混淆。一种是把“反经验谜题”和“反直觉谜题”混淆。antichamber和纪念碑谷是反经验的，因为其时空结构和现实世界不符。但是因为我们本身就是奔着游戏的“反经验”特征去的，即“反经验”是这个游戏的玩点。所以一般不可能厌恶“反经验谜题”。除非游戏本身的世界观是现实主义的，然后其中突然出现了一个超现实主义的谜题。这种情况下的确会让玩家反感，要么设计者是傻子，要么设计者故意想营造搞笑的效果（例如周星驰的一些电影（把谜题替换成电影桥段））。
另一种是把“粗糙的谜题”和“反直觉谜题”混淆。比如某个关卡按照现实世界的逻辑使用2种道具都能过关，但是在游戏中只能使用其中一种才能过关，使用另一种则毫无效果。这种情况往往是作者设计关卡的时候考虑不全面导致的。之所以归类为粗糙而非反直觉是因为有明确的逻辑可以证明这个谜题不严谨。
然后开始正式讨论。
我发现很多人都对反直觉谜题比较反感，几年前的我也是这样。但是最近两年我读了一些认知科学方面的书后，观点有了改变。
因为现实世界往往是反直觉的。
人的认知其实是有大量的BUG的，人经常会下意识地作出明显是非理性的选择，即使对于高智商的人也不例外。各种非理性经济学的书籍多得数不胜数（如《怪诞行为学》等），探讨认知偏见的书更是多（如《魔鬼出没的世界》、《误区》、《超越智商》等等），想要详细了解这些的建议大家直接去读书。
而很多反直觉的谜题其实正好位于认知的“盲点”。通过思考这样的谜题，可以锻炼我们大脑主动地去探索那些被我们刻意或无意忽略的可能性。解这样的谜题对提高自身的智力和理性水平是有好处的，设计这样的谜题对提高人类平均智力和理性水平是有好处的。
举个例子，我刚开始玩《史蒂芬的香肠卷》的时候，当我尝试显而易见的手段未能过关时，我内心是很恼火的。但是当我冷静下来时，我发现自己之前执着于先入为主的“思维途径”，而放弃了思考其它途径。所有途径从逻辑上是等价的，但是大脑喜欢走捷径，所以情感上偏重了其中一条。放弃默认途径是痛苦的，因为违背了大脑的惰性，但是却很能锻炼人。当我最终经过尝试找到问题答案的时候，我只会责怪自己之前考虑问题不全面，并得到成长感，而不会去责怪作者为什么设计反直觉的谜题。
如果设计者一味地迎合玩家去做意料之中的谜题，轻则对玩家的提升毫无帮助，严重的甚至会让玩家感到枯燥和无趣，因为明显意料之中的谜题等价于纯体力劳动。
这样，不管设计师的最初目的是表达想法还是盈利，最终都会失败。
所以，我的初步结论是，设计反直觉的谜题是有益的。
至于怎样把握程度，我还没想好。