我觉得有2个理由：
1.画面平衡感。
2.开发成本。
以下是具体的为何我这么觉得：
其实我没记错不少VN也有会在对话框旁边放对应角色的表情。
早期有些作品甚至连立绘都不会动，表达角色心情的只有对话框旁边的表情而已。也许是因为觉得这样多显示一遍太过繁琐，也可能是因为离自己这边特别近的并不是主角有点影响代入感……（为了取得代入感，有些游戏甚至还可以选择禁用主角头像）
头上飘字如果只有少部分那还不算特别奇怪，如果是两个人的大段对话会显得头重脚轻，如果为了取得平衡感再加上取景的时候，一般显示到肩膀以上比较恰当，又容易显得很挤。
总之，原来的老规矩现在也很少有制作方采用了。（印象里也只有八月社继续保留了这个。）
气泡式对话不可能每句都一模一样大小，那难道就得适配上不同尺寸的对话框吗？
我所能想到的做出类似于用气泡式对话框的方法应该是美术做一个循环素材，做出不会被拉伸的四角和会被拉伸或者平铺的填充物。（这种方法只需要参考RPG MAKER的素材需求就能明白了）
另一种方法就是直接麻烦程序员，拜托他在引擎里面“画”一个对话框出来。
总之气泡式对话框不只是折腾美工，同时也是在折磨程序员啊！
VN作品一般都是2D的，一般的对话形式一般都采用都是固定视角。
2D的VN式游戏如果采用漫画式的非固定气泡并不是不可行，这样的例子有，但频繁使用再配上华丽的画面总的来说，会让人读起来更加困难（莫名显示在人物两侧的对话框，例如：尘骸魔京），而且为了交代对话角色之间的位置关系和神态变化，也会减少代入感（例如：天使的双枪）。
最后就是最可怕的开发成本了……画一部能读2小时的漫画需要的素材量肯定远超一部能读2小时的VN啊！（例如Quartett!）
2D游戏如果真的效仿漫画效果显然会增加额外的开发成本，而且作为对话关键肯定是玩家和npc之间的互动，需要能被看到表情，为了交代清楚角色的位置关系和表情，那对话框位置也得配合脸让开…………这么多坐标，真的是太可怕了！