Game Freak是独立第二方公司，Creatures是任天堂子公司，The Pokemon Company是任天堂和前两者在管理精灵宝可梦品牌的方面成立的三方合资公司
其中任天堂相当于是“股东”，但是实际上任天堂很少直接单独以“任天堂”名义使用精灵宝可梦的品牌，The Pokemon Company是真正的精灵宝可梦品牌持有人，可以被当作是“宝可梦这一品牌商业运作的调度者”，由于任天堂高度控股，而其中Creatures是任天堂子公司，又是卡牌、美术设计、研发技术支持和一些商业运作的企业，实际上等于精灵宝可梦的品牌基本上就是任天堂的品牌，但大部分精灵宝可梦品牌在使用时会带上三巨头和The Pokemon Company的版权信息。
所有的主系列游戏都是Game Freak研发，The Pokemon Company和任天堂联合发行，Game Freak本社为任天堂合作伙伴，但并非是任天堂子公司，理论上他们实际上是独立运作的，不完全受任天堂的控制，可以任意寻找发行商，但是毕竟宝可梦是摇钱树又是任天堂扶植的品牌，所以本质上Game Freak也等于基本被任天堂“包养”，出品在其他平台的游戏少之又少，不是子公司胜似子公司了。
除此之外，家用机旁支游戏最常见的非GF社制作公司是HAL研究所（也就是卡比的老家），出品主要有前三作宝可梦竞技场，三作宝可梦保育家，以及早期的大乱斗系列（后来单独成立了樱井政博的sora社），其渊源和GF社极深，但是HAL研究所最早是给MSX、PC98等机器做游戏的，只不过出现过一次债务危机，任天堂对HAL研究所进行了债务担保，之后成为任天堂子公司，最重要的，聪叔可是HAL研究所的老职员，最后到任天堂本社。。。。
另外一个早期制作小品级旁系游戏的是Ambrella，一直负责制作皮卡丘系列，还有宝可梦冲刺赛等等小品级游戏，这个公司也是独立状态，属于任天堂合作伙伴，由任天堂发行的游戏都是经过任天堂企划本部监制的。
除此之外，宝可梦不可思议的迷宫系列，由于不可思议的迷宫品牌是chunsoft的，而所有沾了这个品牌的游戏都是由chunsoft亲自操刀，所以游戏研发是由spike chunsoft负责，任天堂负责发行，三巨头只是授权商标使用。
后来的宝可梦圆形竞技场、宝可梦XD和对战革命是由Genius Sonority制作的，这个公司是制作勇者斗恶龙出身的，可能看准了这个公司的RPG水平，竞技场后两座和对战革命才交给他们的。
万代南梦宫负责宝可拳，因为用了铁拳的游戏创意。宝可梦的街机是takara tomy和MARVELOUS!负责，如terra和后来的ga-ole，有一段时间还和世嘉一起出过游戏。
PM go比较特殊，Niantic因为ingress类游戏轻车熟路，三巨头就是授权了一个品牌使用，研发、运作都没关任天堂啥事（所以说锁区的，你们骂错人了。。。）
Game Freak 对精灵宝可梦这个品牌的所有权和参与度是什么程度？
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