确实前面玩家说的很对，纸和笔是目前对于每个人都合适的工具，不光是游戏设计，实际上我现在梳理程序结构的思路也喜欢用纸笔；不过既然题主问了
那么
我推荐俩
一个是Machinations，虽然推出多年但都没有被广泛应用；一是有一定学习成本；二是有一些局限性；一言两语难以说清楚，题主自己去了解一下吧
一个是PuzzleGraph，是一个主要用来设计谜题的工具。
优势主要在于对谜题状态空间的分析以及可视化功能
http://ctrl500.com/game-design/the-puzzle-that-is-puzzle-placement-metricos-solution/ //一篇介绍
https://runevision.itch.io/puzzlegraph //下载地址
还有思维导图我个人觉得也不错，用来梳理一下游戏逻辑很有用。
具体软件就不推荐了，有很多，自己选吧。
想起来一个做关卡设计的，之前我们有策划用过草图大师；
还有一个基于web的工具sketchup，本来是一个建模软件，但是在线的这个免费版比较轻量用来做做关卡设计未尝不可；sketchup官网