Game Maker Studio本身集成了强大的编辑器，例如Tiled Map Editor, Event Editor, Drag & Drop Module. 就类似于RPG Maker一样，GMS的目的是使用一套尽可能完善的工具集让你通过最简方式开发游戏。
而Unity则是保留了一种原生风味——如有需要你可以对Unity Editor进行定制（通过编辑器扩展编程），你既可以完全使用原生脚本编辑器实现复杂逻辑，你也可以为了自己项目的方便自行开发组件和使用第三方插件——PlayMaker, Behavior Tree, 2D Tool Kit等都提供了相对完善的功能，免去了你重复造轮子的困扰。
至于其他答主提到的对于3D模块的支持，毫无疑问Unity对3D、2D都有较好的支持性，而使用GMS开发3D游戏也不是不行。野蔷薇中我申请评测的Neighborhord就是使用GMS开发的3D游戏（并且还很有爱）。