理由可以有很多种，比如制作者纯粹的（恶）趣味，比如增加隐藏要素为 续作剧情，DLC 埋下宣传的伏笔等等。但是在这里我要装个逼，提个（我自己看起来）很*的词叫做溢价空间。
溢价原本是金融的词，就是买股票花的钱比它本身的价值高的意思。
说到游戏。我忘了最初是哪里提到的，说到这样的事情。
一个游戏正常20小时的流程，卖100元。如果游戏做的好，其实一部分玩家，其实愿意花更多的钱，200，1000甚至上万，这就是溢价空间。但是它只卖100元，我甚至没办法溢价花150元购买它。
除了价钱以外，还有时间的溢价。比起买买买，部分玩家更喜欢花时间在游戏里头。我想要花50小时，但是你的内容只有20小时啊，我总不能通关以后再打一遍半吧。而题主也提到了，那些彩蛋或者说附加的内容，受众很小。确实，它就是做给这些拥有溢价时间的玩家的。它在不干扰普通的大部分玩家20小时的流程的情况下，为想要花更多时间的玩家提供了一个窗口。这是对玩家的善意。
那么根据时间和价格的溢价与否，我们可以获得以下产品：
时间溢价——彩蛋。
价格溢价——尊贵豪华限定版游戏（其实这点做的最好的是国产手游页游，土豪都是几万几十万的溢价呢）
时间与价格的双溢价——DLC
那么不好的地方呢，也是会有的，当彩蛋对正常的流程产生影响的时候。我只想体验20小时的流程，但是它突然给了我一个和主线无关的物品，我拿着它不知所措，对我想要的游戏流程造成了困扰。也许在我查看了相关资料发现了这样的彩蛋，发现它是更宽广的空间，但也许它只是让我心痒痒但你却懒得去做的一个小烦恼。这应该也是题主发问的原因。
所以，厂商设定彩蛋要先想一想，我是想让所有玩家都发现呢，还是只想提供给哪部分玩家而不影响其他玩家。但其实做到不影响还是很难的，要么会太难找，要么也会心想，这也是一种把普通玩家转变成时间溢价的脑残粉的一个契机啊怎么能放过它呢。
以上瞎扯，请多指教。