题主举例的售价应该都是平台数字版。所以先只看这些平台数字版售价吧。
1）先看动机：
黄种人比较喜欢吃日呆的审美风格，也更愿意花更多的钱买他们喜欢的这种日呆游戏。但这类游戏的审美在欧美并没有那么大受众，参考Bandai在俄区的售价，日厂也会做地区调整，并不是一味的偏贵。
给更愿意花钱的人更高的定价。这是非常正常的商业手段。
2）再看效果：
尼尔打折卖200+块时，在国区就销量榜第二了（第一吃鸡雷打不动），那为什么SE要降价到200块以下？在对游戏素质自信的基础上，你没觉得SE的这种策略很成功吗？
3）最后对标一下：
欧美3A真的那么便宜吗？远哭5预购368能卖的火的时候，育碧为什么要降价？Steam 售价300+的日厂游戏（算上DLC吧加一起）有多少？仅育碧来看，育碧黄金版又有多少？然后再看看EA…
ps，我觉得题主的问题其实是可以分解的：
1）为什么日区有时给黄种人区较高售价？
答，因为日厂认为黄种人区愿意花更多的钱买他们的审美。
2）横向比较，日本3A为什么偏贵？
答，
1，贵的3A。不考虑区域，拿贵的日本3A和贵的欧美3A比，日本3A并没有偏贵那么多。
2，便宜的3A。日厂3A本来就少，几乎没有便宜的。而为什么欧美有那么便宜的3A呢？这就更接近与另外一个答案中所谈到的“发行商的怜悯”。
但还要补充一下，除了购买力原因外，他们当时还希望打破盗版对中国单机市场的垄断，做了先驱。
3，独立游戏。比起独立游戏，日本更倾向于同人游戏的概念。这种游戏很多时候甚至免费。steam上哪怕有卖也不贵。