其实这种区分有点难。
首先第一个问题，“剧本写得糟”是玩家的直观感受，“刻意营造的糟心感”是作者的创作初衷，这两种东西本身不矛盾。有可能作者刻意营造“糟心感”但是玩家一片叫好，觉得这个情节绝了；也有可能作者没有想弄得这么糟心，但是被众多玩家骂作“喂屎”。创作者按照自己的初衷创作出作品之后，对作品理解和欣赏的权力就交到了玩家/读者手中，这个时候玩家/读者只会从作品本身来理解和欣赏，与创作初衷无关。
第二个问题，“剧情设计有问题”和“失落或是愤怒的代入感”之间应该还是比较好区分的。由于“失落或是愤怒的代入感”不依赖于剧情设计的“问题”，所以如果读者/玩家觉得前后不连贯，逻辑不通顺，那就是有问题，一般不会是创作者刻意为之。起码比较高水平的创作者不会通过暴露剧情设计的问题来营造这种代入感。
第三个问题，对于“恶意剧情”的看法，我其实觉得要看合不合理。角色突然死亡，或者不合逻辑的死亡，都会降低情节整体的质量，被观众/玩家讨厌我觉得挺正常的。如果是符合逻辑的、精心安排的死亡，会很大程度上增加作品的魅力，那样的话我认为也不算是“恶意剧情”了。