剧情上：轩辕剑系列的野心太大，每一部都想要构建一整个玄幻世界。这导致有时候剧情拿捏不住。编剧水平抗住了，就是神作，没抗住，就拉低玩家心中的印象。仙剑则是追求安稳，一直在自己开篇创造的小型架空世界里兜圈子，这样剧情即使不稳定，也不会偏差太多。仙剑五和仙剑六为什么被人喷的这么严重，加入了太多新元素而没有给出足够的剧情支撑是一个原因（仙剑五前传非常好的支撑住了五代的世界观设定，所以受到的好评更多）。而轩辕剑，除了外传类型的，几乎百分百是新元素，让玩家接受自然更难。
并且轩辕剑的剧情往往过于沉重，并且一贯到底。而仙剑的每一小段剧情则更像小品——即使整体不一定是这样。
系统上：仙剑的创造性更高，每一代，包括外传，在战斗和地图中都会提出一些新玩法，而轩辕剑虽然也有，但是还是感觉差点火候。轩辕剑的系统在三代时候曾经是非常先进好玩的，现在则已经落后了。当然我们拿最新的一部来对比，轩辕剑六，还有仙剑六的系统，呃，都很一言难尽。而且我非常讨厌地雷遇怪，非常非常非常非常讨厌。
人设上：仙剑人设过于样板化，乃至于人们提到仙剑总能想到：一个逗比男主，一个傲娇女主，一个冷面男主，一个温柔女主。轩辕剑系列在探索新的人设方面十分大胆，当然这和配合其厚重剧情是相关的。套路化的人设也能在剧情里表现的更稳健，而轩辕剑有时人设不讨喜，不过对于新人设的尝试非常值得肯定。
总结一下吧，仙剑系列更像是一个小商人，不断地拿出新玩具给玩家看，轩辕剑系列更像一个老学究，戴着眼镜在那里自顾自念自己的故事。这对于有着娱乐需求的玩家来说自然吸引力不一样。其实这三方面上我更倾向于第三把剑，题目没问就不说了。