接着几个答案稍微详细说一点。
当年史克威尔因为FF9迪士尼化的风格受到了欧美的好评，极端膨胀，首先是成立史克威尔影业，希望成为一个跨领域的企业，当时就做了最终幻想灵魂深处这部电影，投了大价钱，女主角的头发都是当时最先进的技术，但是史克威尔当时错误估计市场认为这部片子要“欧美化”一点才叫座，结果是除了剧本是坂口博信写的以外几乎和最终幻想毫无关系，而且整个片子看起来云里雾里的也没有什么最终幻想的要素（除了希德），差评如潮，整个片子最后的票房约等于给女主角做头发的成本。。。。可想而知当时史克威尔有多落魄了。这件事是促成史克威尔被索尼注资并和艾尼克斯合并的主要原因。
紧接着坂口博信的FF10力挽狂澜，挽回了FF的损失，然后开发的王国之心也是比较好评，再加上索尼注资，基本就好转了。
接着说网游化失误，应该算是一个次要原因，因为此时史克威尔已经因为各种原因财务开始好转了，FF11最早发行PS2版，然而PS2的网络外设极端复杂而且价格比较贵（网卡是连着硬盘一起卖的），后来发行windows版，但是FF11的设计还是拘泥于老式RPG设计（我玩过一阵子，反正怎么都觉得和现在的网游的概念完全不同），没朋友一起带着几乎玩不下去，而且2002-04年左右现金交易就开始泛滥，于是一直不温不火。
之后，应该也有索尼的撮合，史克威尔和艾尼克斯在FF11上市期间就开始合并计划，并最终合并为SE。
这次合并应该说既是成功也是失败，成功就是索尼背后把持了当时日本两大“国民游戏”FF和DQ的制作商，并且避免了长年以来S和E的撕逼，但是后来SE恢复了之后和任天堂主动示好，最后是两边不得罪，索尼成老东家把持SE的希望也就破灭了
失败就是SE合并后，没有了互相竞争的动力，慢慢的SE的作品是越来越搓，FF系列SE合并后第一作FF12叫好不叫座，FF13更是毁誉参半，FF14 1.0 人人喊打，FF15难产多年。。。也是不咋的，DQ那边稍微好点，但也是难产。
在收购EDIOS后SE彻底变成了跨国游戏企业，于是现在SE再一次尾大不掉了