排名不分先后，
1、红色警戒：尤里的复仇
沙丘2000
命令与征服：泰伯利亚之日
这3款都是差不多的游戏模式，单一资源无人口限制，干干干！但是承载了不同的文化背景。很多人的RTS启蒙都是沙丘和红警吧？
三部西木的作品，模式一样就算一个？
2、横扫千军
上面说的那三款算战术游戏，这个是极其优秀的战略游戏。
地图可以大到爆；
单位可以多到爆；
而且有完整的侦查系统，加入雷达和声纳的概念，不再是简单的视野和黑雾；
空军投弹完全模拟真实的情况（投完还得绕一个圈……）；
海军巨舰重炮重护甲；
地面分为机器人和坦克，每个工厂独立生产单位……
在那个年代能把对现实中要素做的这么细致而且游戏还好玩的绝对没有超过它的。
3、帝国时代2：征服者
各国人民大乱斗，大家最喜欢的还是背后的文化吧？开放的编辑器让多少人做了多少个yy武侠剧情图？大家都动手的年代真的美好！
4、家园1
富有诗意的对白，阿拉伯风情的音乐，未知而美丽的太空，自由移动的3D方向，帅气的巨舰大炮，以及寻找家园的旅程，每一个都值得展开长述。
5、战锤40K：战争黎明
暴雪最初想做战锤，但是没有谈拢，你看魔兽就是中古战锤，星际就是40k，可能Workshop肠子都悔青了吧。中间几个打着战锤旗号的游戏都做的不是太好，直到战争黎明，皇帝的荣光终于照耀到我等卑微之徒的身上！
算把小队制运用的比较好的；
引入了命中率的概念；
单位不再单一固定远程和近战；
加入了士气的概念，直接杀敌不是唯一的选项，击溃敌人的心理才能轻松的打败你的敌人；
而且简单的加入了掩体概念（部分区域的buff，加远程防御降移动速度）；
把炮击成功定位为战术单位而不是战斗单位，炮击不一定准确，但是击飞本身会使得驻守的部队没法完整地输出，而且重武器部队都是需要架设时间的；
都有点可以算是英雄连的前身了。
最重要的是，waaaaaaagh！
有战锤这现代最好最独特的科幻做加持，这是别的游戏比不了的。
6、英雄连1
人有多脆弱？也就一两枪的事。英雄连把RTS游戏带回到战术和战斗层面，专注于具体战斗的细节。你想突击一个据点？你的人死的起吗？还是先炮击吧！同时也是第一个实装地形破坏的RTS（大概吧？）。
家园、战争黎明、英雄连都是水雷的作品，当时的水雷真的是好厉害啊！
7、罗马：全面战争
每个部队都是一个方阵，比横扫千军更多单位大乱斗……要说游戏史肯定是罗马：全战，但是要说全战系列的巅峰那当然是我大战锤啊！
8、星际争霸1：母巢之战
三个种族以完全不同美术，建造模式，不同的进攻/防御风格展现在大家的眼前，星际之前几个游戏能做到这点？
星际之前又有哪个RTS能够竞技的？
红警吗？
无脑爆防空履带车？（笑）
但是极其出色的平衡性和赛事掩盖了它单人剧情的出彩……那个年代大部分都是英文版，有几个人去玩了剧情？后面又有几个人额会去补票？非常非常非常精彩的女王复仇的故事，比星际2高几个华莱士。
开放的地图编辑器也做出了非常多的小游戏，很多其实就是moba的前身。
9、魔兽争霸3：冰封王座
多亏了武汉奥美的汉化，魔兽的剧情得以传递给我们大陆玩家。不一定是首创，但是把英雄（RPG）和RTS结合起来发扬光大的肯定是它，更重要的是没有它就没有Dota。
10、上帝也疯狂
浓浓的原始人和宗教色彩。教化野人，训练子民，让男女去房子里生猴子……抬升地面，召唤龙卷风，制造火山……没见过这么疯狂的游戏！算是很早提出地形改造和通过训练分化士兵的游戏了。
其他也很多有意思的游戏
地面控制2：不再是房子里魔法造兵，单位都是空投的，装甲部队还有区分前侧后顶4个方向的护甲。
深海争霸：海是有深度的，所以地形高低差异很大，船也可以通过高低差来躲避敌人的炮火。
神话时代：泰坦 ：其实比帝国时代好玩……
AI战争：茫茫茫茫多的船打太空战……
要塞：这个不算RTS吧？
国产的也有铁甲风暴（改装！）、傲视三国（丰富的生产链让我都想把它当经营模拟了……）等精品。
这些算是我想起来比较特别的，别的一时半会也想不起来了，等想起来再补吧。愿能帮到你。