游戏模拟器自然是以最大程度还原实体机运行状态为目标而设计的。
但是开发可能因为主观因素（开发成本等）与客观因素（对实体机内部细节认知不完善）而导致模拟器运行与实体机有所差异。
举个例子，不少模拟器在开机初始化内存时会将内存内容清除成00，这种情况与实体机的开机状态是有出入的，实体机一般来说开机时内存内容会呈现随机噪点，如果有游戏以开机时内存状态作为游戏数据输入，实体机和模拟器的差异很可能就会体现出来。
不过，开发质量过硬的商业游戏基本上不会遇到模拟器和实体机运行差异过大的情况（模拟器对商业游戏的适配本身就是模拟器开发中的重要部分），除非有特殊条件，一般情况下，高精确度模拟器可以在不做额外设置的情况下视作和实体机运行无差异。
强行割裂模拟器与实体机是没什么意义的行为。对“实体”的追求往往只是陷入“纯正度”的死循环，原装机用的还是日本的50Hz、110V交流电，难不成也得跨洋拉一条过来用？更何况当下官方利用模拟器技术提供的正版商业游戏，其模拟器准确度甚至可能不会高过市面上模拟器的一半水平。