桥野桂接手的后P3时代的第一作，也是划时代的一作。
P3距离前代女神异闻录2：罚的发售已经过去了6年，玩家早已经产生了很大的断层，所以到达P3的时候，女神异闻录系列整个已经经历了一次大换血，如果把P3后的作品和早期P1-2放在一起，那么基本上就是两种游戏了。
P3给玩家的首要印象就是不同于之前作为真女神转生外传的设定，自成一派，从完全抛弃了“女神异闻录”这五个字（代表女神转生外传）而完全使用了Persona这个英文作为整个系列的标题看出，从P3开始，这就完全是一个全新的系列了。
P3开始改良了P1-2的世界观，独立于前两代，对于前两代90年代甚至有股80年代的“昭和臭”的风格的作品来说，P3则完全进入了新世纪，深蓝色的主题下一股清爽的感觉扑面而来，由P2开始延伸至社会人士的主角群再度拉回了中学生群体。副岛成记的画风的衬托下，整个游戏的表面散发着一股青春活力的气息，时尚度也暴增。音乐方面则叫来了目黑将司，由目黑将司编曲的各种风格的BGM，摇滚，电音应有尽有，切合主题，时尚范十足。
但是虽然外表看似十分青春，P3依然继承了前几部作品的沉重风格，并加以改良，首先建立了“shadow”世界观，与玩家战斗的不再是真女神转生系列的仲魔，而是代表人类阴暗心理和“群体无意识”的“shadow”（阴影），而整个故事的目的来自于希腊古典心理学和哲学中的“塔纳托斯思想”（又称死之愿望），即人类在无意识之中倾向于死亡的一种情感，而整个P3就是建立在这一套“人类求生与求死”的思想上。抛弃了P2主角名字固定的设定，采用了同P1一样的主角是玩家化身的方式，让玩家更好地融入游戏，前作中由于所有队友都可随便可以换persona，带来了极大混乱，因此主角“鬼太郎”（后来补上了官方默认名结成理）作为主角，再也不像前作一样过于平凡，而是成为了队伍主力，只有他才有随意更换persona的能力，队友只有固定persona和进化而已，甚至主角有别的队友所没有的能力，主角群的persona来自世界各地的神话的设定也被取消，P3中主角群的persona全部来自希腊和罗马神话，甚至连BOSS也是，而且从这部作品开始，persona开启了每作必有一个非人类同伴的设定，本作的机娘Agris和小狗虎狼丸也是超萌的角色。
P3继承P2的都市传说引发故事的叙事方式，P3的都市传说“影时间”，开启了之后persona系列“深夜传奇”的故事模式，不过P3之中玩家很快就会被拉入战斗，而没有长时间的对影时间这个都市传说的铺垫，这点更像是老作品的风格。另外游戏中社群等等新的要素更在未来的作品中得以沿用
由于PS2进入了3D机能时期，本作从人物到场景都采用了3D化做法，战斗场景也一改之前的那总斜45度的战斗，改为了类似摄影棚式的围殴BOSS的方式，镜头永远在变，充满了时尚感，暴击时候的特写镜头更是帅气，但是P3的战斗方式是玩家只能全权控制主角一人，其他队友都是自动战斗，因此反而有时候需要“凸必杀”才能达到效率最大化，这点直到携带版P3P加入了可以对所有人员单独下指令的设定才得以解决。本作中召唤persona采用的是手枪式的召唤器，利用召唤器对太阳穴射击来创造虚假的濒死体验，从而心理暗示召唤persona，“手枪爆头”的召唤方式更是潮到掉渣。
可以说，P3创造了persona系列真正的新篇章，其之后的P4也是沿用同样的系统和规则，自成一派之后甚至超越了其本作真女神转生的人气。
最后说的是，本作的剧情依然十分沉重，甚至非常的悲剧化，首先给所有未玩过的玩家肯定剧透的是，主角会死，封印黑夜女王尼克斯的主角灵魂成为了封印的钥匙，永远的封住了最终BOSS，就算最后主角跟同伴定下了约定，但是最后一刻主角还是永远睡去了，所以本作到最后只会给玩家留下无尽的悲哀和回忆，尤其是玩家更是从主角的视角来体验这一切，这也许就是所谓“死之愿望”给玩家带来的震撼。