主要是情怀。
加农是有名有姓并且人气足够高的老牌反派了，具体例子楼上也有举，最重要的是时之笛和黎明公主，前者是划时代的满分神作，后者听说是历代销量最高（荒野之息之前）。基本上这两作的玩家在塞尔达传说的系列粉丝里占比是最高的，选择这两作的BOSS无可厚非。
在天空之剑发售时，官方同时公布了一份塞尔达传说的设定集，可以说是塞学家的圣经了。这本设定集里公布了一条以时之笛为核心的塞尔达系列的时间线，将所有系列的故事串联了起来：
天剑发售时官方给出的时间线分支图，由时之笛引出了三种不同的结局，变成了不同的作品中的世界。（详见百科）
可以说时之笛无论是在现实中的游戏品质还是设定上的地位，都可以称之为整个系列的代表，时之勇者也是历代登场作品数最多的主角，同时在《时之笛》《梅祖拉的假面》《黎明公主》中登场，玩家几乎伴随时之勇者的一生，见证了他的一切，可说是系列人气最高的主角。而时之勇者的宿敌加农自然也就成为了系列人气最高的反派BOSS，从这些作品之后的几乎所有作品的BOSS都塑造成了加农（像是众神2，众神1里这个BOSS只是像猪而已。）
抛开情怀的说法的话其实也可以解释成官方希望将邪恶的势力具体化成一个更好塑造的对象，这在天剑之中也有所体现，楼上截图里天剑的BOSS，虽然放在一起看很像加农，但是他并不是。天剑的BOSS是一个没有名字的魔王，代表着邪恶的根源，在游戏中的实际体验就是，这个敌人是无法杀死的，大空勇者与之交手多次，每一次胜利都只能是将其封印，最后一次封印的时候，这个魔王还留下了几句话，大意就是“你们这对狗男女，我咒你们的子孙后代头顶都是绿色啊都要面对不断与毁灭斗争的宿命，老子不管变成什么样都要***们”，基本可以确定之后的BOSS都是继承这个魔王的力量来和狗男女作对的了，既然林克和公主都有较为统一的造型和特质，将魔王也统一起来会让整个系列看起来更有整体的感觉，现在看起来塞尔达系列走的就是这么一条路，包括荒野之息的故事也可以看出制作组很喜欢突出从时之笛开始就隐隐约约渗透出的感觉：像是永恒的三角力量一样，这三个灵魂超越了时空永远互相牵制着的宿命感。