《魂斗罗》系列的完整故事是怎样的？每一作之间有哪些联系？

补充一个MD上的外传：《魂斗罗 铁血兵团》（『魂斗羅 ザ・ハードコア』）

『魂斗羅 ザ・ハードコア』は、エイリアン戦争から5年後が舞台だ。政府は新型の凶悪犯罪に対抗すべく特別チームを設立。プロ中のプロを集めたそのチームを人々は「魂斗羅部隊」と呼んだ。
　無人機動兵器の暴走を鎮圧するため、出動する「魂斗羅部隊」。だがこれはプロローグに過ぎず、ゲームが進むにつれ、更なる巨大な陰謀が明らかになっていく。実は暴走事件はオトリ作戦で、この混乱に乗じて、軍の研究施設に保管されていたエイリアン細胞が強奪されてしまう。事件の黒幕、退役軍人バハムート大佐は軍の研究者Dr.ジオ・マンドレイクと通じ、エイリアン細胞を利用した生体兵器による政府転覆計画を進めていたのだ。

( http://www.ne.jp/asahi/hzk/kommander/conhcstory.html)

瞎13翻译：

故事发生在《魂斗罗精神》5年后，为了应对新型犯罪成立了特别行动队，人们用异形战争中英雄的名号称其为“魂斗罗部队”。

以“无人机动兵器暴走事件”为开端，“魂斗罗部队”发现了隐藏在背后的黑幕——退役军人巴哈姆特大佐和 Geo Mandrake博士合谋利用异形细胞企图颠覆政府。